Gramps Webを使用したY-DNA分析

注意

この機能は、Gramps Web APIバージョン3.3.0以降およびGramps Webフロントエンドバージョン25.9.0以降が必要です。

Gramps WebのY-DNAビューでは、生のY染色体単一ヌクレオチド多型（SNP）データを使用して、個人の最も可能性の高いY-DNAハプログループを特定し、推定された時間とともに人間のY染色体ツリーにおける派生先祖を表示できます。

Y-DNA SNPデータの取得と保存方法

Y-DNA SNPデータを取得するには、遺伝子検査サービスを通じてY-DNAテストを実施する必要があります。その結果は、各変異（SNP）を示す文字列（例：R-BY44535）と、変異が存在するか不在であるかを示す+または-の記号からなる変異のセットとして表されます。Gramps Webは、すべてのテストされたSNPの文字列をSNP1+, SNP2-, SNP3+,...の形式で、カスタムタイプY-DNA（大文字小文字を区別）として人物属性に保存することを期待しています。この属性は、Gramps WebまたはGramps Desktopで手動で作成するか、Gramps WebのY-DNAビューに移動して青い「追加」ボタンをクリックし、データを追加する人物を選択してSNP文字列を貼り付けることができます。いずれにせよ、データはGrampsデータベースの人物属性として保存されます。

さまざまな検査サービスからSNPデータを取得する方法についての指示は、以下を参照してください。

仕組み

人物がSNPデータを含むY-DNA属性を持つと、Gramps Webはオープンソースのyclade Pythonライブラリを使用して、その人物の人間のY染色体ツリー上の最も可能性の高い位置を特定します。このツリーは、数万件のY-DNAテストに基づいてYFullプロジェクトによって作成されました。Gramps WebはYFullツリーのローカルコピーを使用しているため、データは第三者に送信されることはありません。

ツリーは根から葉に向かって移動し、各ノードで、そのノードに関連付けられたSNPが人物の陽性および陰性のテストされたSNPと比較され、適切な枝がたどられます。

最終的な結果は、ツリーの根（Y染色体の「アダム」）から、人物のSNPデータと一致する最も派生したクレードまでのクレードの連続です。各クレードには、そのクレードに属するYFullデータベース内のサンプルの年齢に基づいた推定年齢があります。

Y染色体は父から子へと受け継がれるため、この連続は人物の父系の系譜の一部に対応します。

結果の解釈方法

最も重要な情報は、ページの上部に表示される人物の最も可能性の高いハプログループです。この名前は、そのハプログループに属するテストされたサンプルの出身国など、より多くの情報を含むYFullウェブサイトの対応するページにリンクされています。

Gramps Webに表示される父系の祖先ツリーでは、テストされた人物の真上にあるボックスが、その人物のハプログループに属するすべてのテストされたサンプルの最も最近の共通祖先（MRCA）です。この祖先に表示される日付は、彼の推定されるおおよその誕生日です。彼の上にいる祖先は、このハプログループを定義する変異が最初に現れた祖先です。

Y染色体の変異率が遅いため、MRCAは数百年前にさかのぼることがあります。稀なハプログループ（つまり、これまでにテストされた人が少ないハプログループ）では、数千年前にさかのぼることもあります。

検査サービスからSNPデータを取得するための指示

YSEQ

「マイアカウント」にログインしたら、「マイ結果 / アレルの表示」に移動し、ページの下部に移動します。「アレルリストコンパクト」というテキストフィールドは、Gramps Web専用に追加されており、Y-DNA属性に貼り付けるのにちょうど適切な形式になっています。