Использование Gramps Web для анализа Y-ДНК

Примечание

Эта функция требует версии Gramps Web API 3.3.0 или более поздней и версии Gramps Web frontend 25.9.0 или более поздней.

Представление Y-ДНК в Gramps Web может использовать необработанные данные о полиморфизмах однонуклеотидов (SNP) Y-хромосомы для определения наиболее вероятной гаплогруппы Y-ДНК человека и отображения производных предков в дереве Y-хромосомы человека вместе с оценками времени.

Как получить и сохранить данные SNP Y-ДНК

Чтобы получить данные SNP Y-ДНК, вам необходимо пройти тест Y-ДНК через службу генетического тестирования. Результат представлен в виде набора мутаций (SNP), каждая из которых идентифицируется строкой (например, R-BY44535) и знаком + или -, указывающим, присутствует ли мутация или отсутствует. Gramps Web ожидает строку всех протестированных SNP в формате SNP1+, SNP2-, SNP3+,..., которая должна быть сохранена в атрибуте человека пользовательского типа Y-DNA (регистр имеет значение). Вы можете либо вручную создать этот атрибут в Gramps Web или Gramps Desktop, либо перейти в представление Y-ДНК в Gramps Web и нажать синюю кнопку "Добавить", выбрать человека, к которому нужно добавить данные, и вставить строку SNP. В любом случае данные будут сохранены как атрибут человека в вашей базе данных Gramps.

Смотрите ниже для получения инструкций о том, как получить данные SNP от различных служб тестирования.

Как это работает

Как только у человека есть атрибут Y-DNA, содержащий данные SNP, Gramps Web будет использовать библиотеку Python с открытым исходным кодом yclade, чтобы определить наиболее вероятное положение человека на дереве Y-хромосомы человека. Дерево было создано проектом YFull на основе десятков тысяч тестов Y-ДНК. Обратите внимание, что Gramps Web использует локальную копию дерева YFull, поэтому никакие данные не отправляются третьим лицам.

Дерево проходит от корня к листьям, и на каждом узле SNP, связанные с этим узлом, сравниваются с положительно и отрицательно протестированными SNP человека, и следует соответствующей ветви.

Конечный результат — это последовательность кладер от корня дерева (Y-хромосомный "Адам" (Y-chromosomal "Adam")) до наиболее производного клада, который соответствует данным SNP человека. Каждый клад имеет оценочный возраст, основанный на возрастах образцов в базе данных YFull, которые принадлежат этому кладу.

Поскольку Y-хромосомы наследуются от отца к сыну, эта последовательность соответствует отрывку патрилинейного предковедения человека.

Как интерпретировать результаты

Самая важная информация — это наиболее вероятная гаплогруппа человека, показанная в верхней части страницы. Имя связано со соответствующей страницей на сайте YFull, которая содержит дополнительную информацию, такую как страна происхождения протестированных образцов, принадлежащих к этой гаплогруппе.

В дереве патрилинейных предков, показанном в Gramps Web, коробка прямо над протестированным человеком является самым недавним общим предком (MRCA) всех протестированных образцов, принадлежащих к гаплогруппе человека. Дата, показанная для этого предка, — это его оценочная приблизительная дата рождения. Предок выше него — это предок, где мутация, определяющая эту гаплогруппу, впервые появилась.

Из-за медленной скорости мутации Y-хромосом MRCA может быть на сотни лет в прошлом. Для редких гаплогрупп (т.е. гаплогрупп, для которых протестировано мало людей) это может быть даже тысячи лет.

Инструкции по получению данных SNP от служб тестирования

YSEQ

После входа в "Мой аккаунт" перейдите в "Мои результаты / Просмотреть мои аллели" и прокрутите страницу вниз. Текстовое поле "Список аллелей компактный" было добавлено специально для Gramps Web и находится в точно правильном формате для вставки в атрибут Y-DNA.