Робота з ДНК-співпадіннями

ДНК-співпадіння — це сегменти ДНК, які збігаються між двома особами, визначені наявністю маркерів, так званих SNP (акронім для однонуклеотидних поліморфізмів, вимовляється як «сніпс»).

Щоб отримати ці дані, вам потрібен доступ до тесту ДНК, який завантажено в базу даних співпадінь, що дозволяє переглядати дані співпадінь сегментів ДНК (наприклад, MyHeritage, Gedmatch, FamilytreeDNA). Gramps Web не виконує співпадіння самостійно, оскільки має доступ лише до даних, які ви завантажуєте.

Введення даних ДНК-співпадінь

Щоб ввести дані ДНК-співпадінь, вам потрібні права редагування, оскільки дані зберігаються як примітка в базі даних Gramps. Перегляд ДНК, доступний з головного меню, забезпечує зручний спосіб введення цих даних у правильному форматі.

Щоб ввести нове співпадіння, натисніть кнопку + у правому нижньому куті. У діалоговому вікні, що відкриється, виберіть двох осіб. Зверніть увагу, що «Перша особа» та «Друга особа» обробляються по-різному: співпадіння зберігається як асоціація від першої до другої особи. Тільки перша особа буде доступна для перегляду ДНК-співпадінь і браузера хромосом. Зазвичай, перша особа — це та, чий тест ДНК вам доступний, а друга особа — це більш віддалений родич.

Якщо другої особи немає в базі даних, вам потрібно спочатку створити її, використовуючи кнопку «Створити особу» у правому верхньому куті інтерфейсу користувача. Після того, як ви створите особу, ви можете повернутися до перегляду ДНК-співпадінь і вибрати новостворену особу.

Далі вставте сирі дані в текстове поле. Дані повинні бути таблицею співпадінь, розділеною комами або табуляцією, зазвичай містити номер хромосоми, початкову та кінцеву позицію співпадіння, кількість SNP у співпадінні та довжину співпадіння в одиницях центиморганів (cM). Ви також можете перетягнути файл з даними співпадінь у текстове поле.

Мінімальний приклад такої таблиці:

Chromosome,Start Location,End Location,Centimorgans,SNPs
6,6358001,18115715,19.6,7424
7,150135758,154205894,10.9,2816

Якщо формат дійсний, попередній перегляд відображається під текстовим полем у вигляді таблиці.

Нарешті, натисніть кнопку «Зберегти», щоб зберегти співпадіння в базі даних.

Перегляд даних ДНК-співпадінь

Перегляд ДНК-співпадінь має випадаюче меню, яке дозволяє вибрати кожну особу в базі даних, яка має асоційоване ДНК-співпадіння. Після вибору особи дані ДНК-співпадінь відображаються в таблиці під випадаючим меню. Вона показує ім'я особи, з якою асоційоване співпадіння, зв'язок з особою, вибраною у випадаючому меню (автоматично визначається з бази даних Gramps), загальну довжину спільної ДНК в центиморганах (cM), кількість спільних сегментів і довжину найбільшого з цих сегментів.

Коли ви натискаєте на окреме співпадіння, відкривається сторінка деталей, що показує всі сегменти і чи є співпадіння на материнській або батьківській стороні. Цю інформацію можна ввести вручну (вказавши P для батьківської або M для материнської у стовпці з назвою Side у сирих даних) або автоматично визначити Gramps на основі найближчого спільного предка.

Редагування співпадіння

Ви можете редагувати співпадіння, натиснувши на кнопку олівця в правому нижньому куті у перегляді деталей співпадіння. Це відкриває подібний діалог, як при створенні нового співпадіння, але з попередньо заповненими даними. Зверніть увагу, що ви можете змінити сирі дані, але не осіб, асоційованих зі співпадінням — вам потрібно видалити співпадіння і створити нове, якщо ви хочете змінити осіб.

Робота з даними співпадінь у Gramps Desktop

Дані ДНК-співпадінь зберігаються як примітка в базі даних Gramps. Формат сумісний з Додатком для карти сегментів ДНК доступним для Gramps Desktop. Його вікі-сторінка містить більше деталей про те, як отримати дані, як їх інтерпретувати і як ввести дані в Gramps.

Info

Gramps Web API v2.8.0 ввів деякі зміни для прийняття більш широкого спектру сирих даних ДНК-співпадінь, які ще не доступні в Додатку Gramps Desktop. Додаток Gramps Desktop буде оновлено в майбутньому, щоб підтримувати ті ж формати.