Використання Gramps Web для аналізу Y-ДНК

Примітка

Ця функція вимагає версії Gramps Web API 3.3.0 або новішої та версії Gramps Web frontend 25.9.0 або новішої.

Вид Y-ДНК у Gramps Web може використовувати сирі дані про однонуклеотидні поліморфізми (SNP) Y-хромосоми для визначення найбільш ймовірної гаплогрупи Y-ДНК особи та відображення похідних предків у дереві людської Y-хромосоми разом з оцінками часу.

Як отримати та зберегти дані SNP Y-ДНК

Щоб отримати дані SNP Y-ДНК, вам потрібно пройти тест Y-ДНК через сервіс генетичного тестування. Результат представляється у вигляді набору мутацій (SNP), кожна з яких ідентифікується рядком (наприклад, R-BY44535) та знаком + або -, що вказує на наявність або відсутність мутації. Gramps Web очікує рядок усіх протестованих SNP у форматі SNP1+, SNP2-, SNP3+,..., який потрібно зберегти в атрибуті особи з кастомним типом Y-DNA (чутливість до регістру). Ви можете або вручну створити цей атрибут у Gramps Web або Gramps Desktop, або перейти до виду Y-ДНК у Gramps Web і натиснути синю кнопку "Додати", вибрати особу, до якої потрібно додати дані, і вставити рядок SNP. У будь-якому випадку дані будуть збережені як атрибут особи у вашій базі даних Gramps.

Дивіться нижче для отримання інструкцій щодо того, як отримати дані SNP з різних сервісів тестування.

Як це працює

Якщо у особи є атрибут Y-DNA, що містить дані SNP, Gramps Web використовуватиме бібліотеку Python з відкритим кодом yclade для визначення найбільш ймовірної позиції особи в дереві людської Y-хромосоми. Дерево було створено проектом YFull на основі десятків тисяч тестів Y-ДНК. Зверніть увагу, що Gramps Web використовує локальну копію дерева YFull, тому жодні дані не надсилаються третім особам.

Дерево проходиться від кореня до листя, і на кожному вузлі SNP, пов'язані з цим вузлом, порівнюються з позитивно та негативно протестованими SNP особи, і слідується відповідній гілці.

Кінцевий результат — це послідовність кладів від кореня дерева (Y-хромосомний "Адам" Y-chromosomal "Adam") до найбільш похідного кладу, що відповідає даним SNP особи. Кожен клад має оцінену вікову категорію на основі віку зразків у базі даних YFull, які належать до цього кладу.

Оскільки Y-хромосоми успадковуються від батька до сина, ця послідовність відповідає витягу патрилінійного родоводу особи.

Як інтерпретувати результати

Найважливішою частиною інформації є найбільш ймовірна гаплогрупа особи, яка відображається у верхній частині сторінки. Назва пов'язана з відповідною сторінкою на вебсайті YFull, яка містить більше інформації, такої як країна походження протестованих зразків, що належать до цієї гаплогрупи.

У дереві патрилінійних предків, показаному в Gramps Web, коробка безпосередньо над протестованою особою є найостаннішим загальним предком (MRCA) усіх протестованих зразків, що належать до гаплогрупи особи. Дата, показана для цього предка, є його приблизною оцінкою дати народження. Предок вище нього — це предок, де мутація, що визначає цю гаплогрупу, вперше з'явилася.

Через повільну швидкість мутацій Y-хромосом, MRCA може бути багато сотень років тому. Для рідкісних гаплогруп (тобто гаплогруп, для яких протестовано небагато людей), це може бути навіть тисячі років.

Інструкції для отримання даних SNP з сервісів тестування

YSEQ

Після входу в "Мій обліковий запис", перейдіть до "Мої результати / Переглянути мої алелі" та прокрутіть донизу сторінки. Текстове поле "Список алелів компактний" було додано спеціально для Gramps Web і має точно правильний формат для вставки в атрибут Y-DNA.